Rumah Sakit Syarif Hidayatullah adalah rumah sakit yang unik, karena berasal dari benih yang ditanamkan UIN melalui SK Rektor IAIN Nomor 001 Tahun 1976 Tentang Pembentukan Pusat Kesehatan IAIN Syarif Hidayatullah Jakarta. Seiring dengan waktu pusat kesehatan inipun berkembang menjadi klinik dan akhirnya pada tahun 2007 berubah menjadi Rumah Sakit (Umum). Selama ini RS Syarif Hidayatullah dikelola oleh Yayasan Syarif Hidayatullah Jakarta berdasarkan SK Rektor IAIN Syarif Hidayatullah Jakarta Nomor 44 Tahun 1986, kini dengan dikeluarkannya Keputusan Rektor Nomor Un.01/R/OT.01.3/60/2013 Tentang Pengembalian Pelimpahan Tugas, Wewenang dan Tanggung Jawab Pengelolaan Rumah Sakit Syarif Hidayatullah maka Pusat Kesehatan Mahasiswa yang kini menjadi RS Syarif Hidayatullah kembali kepada UIN Syarif Hidayatullah Jakarta dalam bentuk UPT Kesehatan (disesuaikan dengan Ortaker UIN). UIN Syarif Hidayatullah Jakarta dengan status PK BLU Penuh sudah tentu harus mengoptimalkan seluruh potensi yang ada di dalam UIN untuk menunjang aktivitas akademisnya. RS Syarif Hidayatullah tentu dapat berperan untuk menjaga kesehatan fisik sivitas akademika UIN agar mampu dengan maksimal mengerahkan seluruh kemampuan menuju cita-cita UIN menjadi world class university. Kembali Mengutamakan Fungsi Semenjak dikelola Yayasan Syarif Hidayatullah, Rumah Sakit Syarif Hidayatullah memang mengalami pertumbuhan yang luar biasa, berawal dari pusat kesehatan, klinik hingga menjadi rumah sakit umum (tipe C) seperti sekarang ini. Tentu hal itu layak mendapat apresiasi dari seluruh komponen sivitas akademika UIN, namun dibalik itu ada pula hal-hal yang dianggap belum maksimalnya sumbangsih rumah sakit kepada sivitas akademika UIN, tak sedikit yang mengeluhkan tentang mahalnya tarif layanan rumah sakit ini. Oleh karena itu momentum integrasi rumah sakit ini dijadikan best moment untuk rumah sakit agar kembali mengutamakan fungsi yang selama ini melekat pada rumah sakit yang mengedepankan nilai-nilai islami ini. Fungsi pelaksanaan kegiatan sosial dan pelayanan kesehatan masyarakat di lingkungan kampus haruslah mendapat prioritas utama demi menunjang visi dan misi UIN Syarif Hidayatullah Jakarta, karena dengan memberikan layanan kesehatan yang baik dengan tarif 'ramah' maka bukan tidak mungkin hal tersebut akan berpengaruh kepada penyediaan tenaga pendidik maupun kependidikan yang berkualitas, karena didalam tubuh yang sehat tentu terdapat pikiran yang sehat pula (mensana in corporesano). Tenaga pendidik dan tenaga kependidikan yang berkualitas akan menghasilkan kegiatan perkuliahan yang berkualitas, layanan administrasi dan akademik yang berkualitas pula sehingga secara tidak langsung Rumah Sakit Syarif Hidayatullah memegang peranan penting merealisasikan rencana strategis UIN menuju universitas kelas dunia.