Sejak tahun 2005 lalu, Indonesia membuat terobosan baru dalam pengelolaan keuangan Negara yaitu dengan diterbitkannya Peraturan Pemerintah (PP) Nomor 23 Tahun 2005 tentang Pengelolaan Keuangan Badan Layanan Umum. Menurut PP tersebut, yang dimaksud dengan  Badan  Layanan  Umum  (BLU)  adalah  instansi  di  lingkungan Pemerintah yang dibentuk untuk memberikan pelayanan kepada masyarakat berupa penyediaan barang dan/atau jasa yang dijual tanpa mengutamakan mencari keuntungan  dan dalam melakukan kegiatannya didasarkan pada prinsip efisiensi dan produktivitas.

BLU melakukan pengelolaan keuangannya berdasarkan Pola Pengelolaan   Keuangan Badan Layanan Umum (PPK-BLU) yaitu pola pengelolaan keuangan yang  memberikan fleksibilitas berupa keleluasaan untuk menerapkan praktik-praktik bisnis   yang sehat untuk meningkatkan pelayanan kepada masyarakat dalam rangka    memajukan kesejahteraan umum dan mencerdaskan kehidupan bangsa, sebagaimana diatur dalam PP tersebut, sebagai pengecualian dari ketentuan pengelolaan keuangan Negara pada umumnya.

UIN Syarif Hidayatullah merupakan satuan kerja di bawah Kementerian Agama yang sudah menerapkan PPK-BLU dengan diterbitkannya Keputusan Menteri Keuangan (KMK) Republik Indonesia Nomor 42/KMK.05/2008 tanggal 26 Pebruari 2008. Dengan diterbitkannya KMK tersebut UIN Syarif Hidayatullah memiliki fleksibilitas dalam menerapkan praktik-praktik bisnis yang sehat untuk meningkatkan pelayanan kepada masyarakat. Dengan adanya fleksibilitas tersebut, sesuai dengan amanat Pasal 35 PP No 23 Tahun 2005 tentang Pengelolaan Keuangan Badan Layanan Umum, maka BLU UIN Syarif Hidayatullah Jakarta diwajibkan melakukan pemeriksaan intern BLU. Pemeriksaan tersebut dilaksanakan oleh Satuan Pemeriksa Intern yang merupakan unit kerja yang berkedudukan langsung di bawah pemimpin BLU.

Dalam rangka mewujudkan sistem pengelolaan keuangan negara yang transparan, akuntabel dan terukur, diperlukan suatu sistem pengendalian intern yang dapat memberikan keyakinan yang memadai atas tercapainya tujuan instansi secara efektif dan efisien, keandalan pelaporan keuangan, pengamanan aset negara dan ketaatan terhadap peraturan perundang-undangan yang berlaku. Maka, Peraturan Pemerintah Nomor 60 Tahun 2008 tentang Sistem Pengendalian Intern Pemerintah diterbitkan sebagai amanah dari reformasi di bidang keuangan negara.

Seiring dengan terbitnya peraturan tersebut, UIN Syarif Hidayatullah Jakarta membentuk Satuan Pemeriksa Intern (SPI) dengan berdasarkan SK Rektor Nomor 161 Tahun 2008. Pada saat itu SPI yang dimaksud masih bernama Lembaga Pengendali Keuangan (LPK). Seiring dengan telah diberlakukannya Peraturan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor 6 Tahun 2013 Tentang Organisasi dan Tata Kerja (ortaker) UIN Syarif Hidayatullah Jakarta dan sebagai wujud implementasi PP No 23 Tahun 2005 tentang Pengelolaan Keuangan Badan Layanan Umum, maka nama LPK kemudian berganti dengan Satuan Pemeriksa Intern (SPI). Berdasarkan ortaker, SPI merupakan organ pengawasan mempunyai tugas melaksanakan pengawasan, pengendalian, evaluasi dan audit di bidang keuangan dan kinerja universitas.